La fédération est comme il est précisé à l'article 5 des statuts, administrée par un Conseil composé de 36 membres. Les administrateurs sont élus pour une période de 4 ans.
Le conseil se réunit au moins 1 fois par semestre et chaque fois que le président fédéral le juge nécessaire. Il peut également se réunir sur demande d'1/4 au moins de ses membres.
Le conseil choisit parmi ses membres un bureau fédéral, élu pour deux ans et composé de :
- un président fédéral,
- un président fédéral délégué,
- quatre vice-présidents fédéraux, représentants de(s) :
1 officiers - 2 officiers mariniers - 3 équipages - 4 marine marchande et pêche
- un secrétaire général,
- un secrétaire général adjoint (poste non honoré actuellement),
- un trésorier général,
- un trésorier général adjoint,
- deux assesseurs : - 1 - 2 -.
Le bureau se réunit sur convocation du président fédéral ou du président délégué en principe une fois par mois.

Le bureau dispose d'un secrétariat permanent implanté au siège de la fédération.